정부가 등록임대주택에 적용되던 양도소득세 중과 배제 혜택을 단계적으로 종료하는 방안을 추진하면서, 임대사업자의 거주주택 비과세 혜택까지 영향을 받을 수 있다는 우려가 커지고 있다. 이에 임대사업자들은 기존 제도를 믿고 장기간 임대 의무를 이행한 만큼 과도한 세 부담이 발생할 수 있다며 제도 보완을 요구하고 있다.

정부 개정안에 따르면 등록임대주택은 일정 기한 내 매도하거나 의무 임대기간 종료 후 정해진 기간 안에 처분해야 양도세 중과 배제와 장기보유특별공제 혜택을 받을 수 있다.

문제는 현행 거주주택 비과세 특례가 이러한 양도세 중과 배제 규정과 연계돼 있다는 점이다. 개정안이 그대로 시행될 경우 등록임대주택을 계속 보유한 임대사업자는 거주 중인 주택을 처분할 때도 기존 비과세 혜택을 받지 못할 가능성이 제기되고 있다.

임대사업자들은 정부 정책에 맞춰 장기간 임대 의무를 성실히 이행했음에도 기존 혜택이 사실상 사라질 수 있다며 부담이 지나치다고 주장한다. 특히 최근 부동산 거래 위축과 대출 규제 등으로 정해진 기간 안에 주택을 처분하기 어려운 현실도 고려해야 한다는 목소리가 나온다.

세무업계 역시 관련 시행령이 그대로 적용될 경우 기존 제도와의 충돌이 발생할 수 있다며, 거주주택 비과세 특례를 별도로 유지하는 보완 규정 마련이 필요하다는 의견을 내놓고 있다.

정부는 세제 정상화와 제도 정비라는 취지를 강조하고 있지만, 이해관계자들은 시장 상황과 기존 임대사업자의 신뢰를 고려한 추가 검토가 필요하다고 요구하고 있다.

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